渔业机械仪器研究所创建于1963年5月，是我国唯一从事渔业装备与工程及相关学科的应用基础研究和关键技术研发的研究机构。全所现有在职职工153余人，其中科技人员145人，副高级以上专业技术人员48人，培养造就了一支在行业内具有较高影响力的渔业装备科技专业技术人才队伍。2005年至今连续七届获得上海市文明单位荣誉称号。

研究所现设有工业化养殖、生态工程、海洋渔船与装备、加工装备、质量与标准化、信息与战略等6个研究室，全面涵盖了渔业装备与工程学科的主要研究内容，基本形成了工业化养殖工程学研究与装备研发、渔业生态工程学研究与设施装备发、渔业捕捞工程学研究与海工装备研发、渔业船舶工程学研究与船舶设计、海上养殖工程与机械化装备研发、水产加工工程学研究与装备研发、渔业装备标准化与质量评价、渔业信息与战略等研究领域。编辑出版《渔业现代化》中国科技核心、中文核心学术期刊。50多年来，取得了190多项重要科研成果，获得省部级以上科技成果奖励83项（次），其中国家级奖励12项，为推动我国渔业装备的升级和产业发展作出贡献。

研究所构建了较为完善的渔业装备科技平台体系。设有青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室、农业农村部远洋渔船与装备重点实验室、农业农村部渔业装备与工程技术重点实验室、农业农村部渔业船舶与装备研究中心、农业农村部长江流域生态修复工程技术中心、水科院水产健康养殖系统工程重点实验室、水科院渔业船舶与装备工程技术研究中心、水科院池塘生态工程研究中心、国家水产品装备研发分中心等科技创新平台；建有渔业装备实验中试基地、工业化养殖中试基地、池塘生态工程中试基地；拥有国家渔业机械仪器质量监督检验中心、农业农村部环保机械设备及船用产品质量监督检验测试中心、农业农村部农业机械试验鉴定总站海洋捕捞与养殖机械专业站、全国水产标准化技术委员会渔业机械仪器分技术委员会秘书处、《渔业现代化》编辑部等科技服务平台。

建所以来，针对渔业生产的需求，为渔业装备现代化研发了诸多的新技术、新产品，80%的科研成果在渔业生产上得到应用，在全国20多个省（市、自治区）建立了渔船标准化、循环水养殖、池塘生态、水产品加工等科技示范点，取得了显著的经济效益、社会效益和生态效益，为现代渔业建设和渔（农）民增收提供了强有力的科技支撑。